Almirante, come disse Fini, era divenuto il “presidente morale” del MSI-DN. Fu effettivamente eletto presidente del partito il 24 gennaio 1988, per acclamazione, dalla maggioranza del nuovo comitato centrale, riunito per la prima volta a Roma (erano per lui le quattro correnti che avevano eletto Fini, le quali disponevano di 168 seggi sui 280 del comitato). La presidenza di Almirante durò soltanto quattro mesi, gli ultimi della sua vita, durante i quali le sue condizioni di salute peggiorarono continuamente, costringendolo ad un ricovero nella clinica di villa del Rosario ai primi di aprile, poi ad un intervento chirurgico a Parigi il 19 dello stesso mese, infine ad altri due ricoveri a villa del Rosario, il 7 e il 16 maggio; in questa clinica egli morì il 22 maggio 1988.
Essendo deceduto a Roma, il 21 maggio, anche Pino Romualdi, che fin dalla fondazione del MSI aveva condiviso con lui la lotta politica, Almirante e Romualdi ricevettero in morte comuni onori nella sede centrale del partito, e comuni esequie, il 24 maggio, nella chiesa di Sant’Agnese in Agone, in piazza Navona, con grande concorso di popolo. Fini onorò nel suo predecessore e maestro “un grande Italiano” e “il leader della generazione che non si è arresa”.